嵩山少林寺自公元495年北魏孝文帝为安置向他晋献统一天下方略的印度高僧跋陀兴建起来后，一切衣食由朝廷供给。据《中国佛教》记载：北周、北齐时期，僧侣半天下，仅洛阳一带，佛寺就已发展到1300多所。使整个国家出现了田地无人耕种、老弱无人奉养、征战无兵员、国库无食粟的局面。
就在这严重形势下，一个名叫卫元嵩的还俗僧人和道士张宾，上表周武帝宇文邕，提出“省寺减僧”的毁佛灭法建议。武帝接受这一表彰，一连七次大会群臣和高僧、名道，辩论佛、道二教谁优谁劣，准备借此废斥佛教。但是，事情并没按照周武帝的意愿发展，当时笃信佛教的司隶大夫甄鸾和高僧道安等人出面力争，废佛之说成为罢论。
北周建德三年(公元574年)五月，武帝宇文邕看到倘若再不灭佛，势将后患无穷，于是，便在一怒之下，传旨将佛、道二教一并废除，迫使全国二百多万和尚、道士一律还俗，把所有寺、观、塔、庙全部分给王公，收缴起来的财物一律散给臣下。当然，这次灭法，少林寺首当其冲，佛殿被劫，佛像被毁、僧徒全部离散。
六年之后，周静帝宇文阐即位，看到由灭佛而出现了社会动荡。为了社会安定，便传出圣旨，让被迫还俗之后凡能精诚自守的和尚、道士重回寺、庙，同时又选派能工巧匠，为少林寺各殿重新塑起了佛像。两年之后，大丞相杨坚取代周室，改国号为“隋”，又赐给少林坞田一百顷，让寺僧从事农禅生活，少林寺又重新兴旺了起来。
隋朝末年，炀帝杨广暴虐奢侈，大兴土木，弄得国库空虚、民不聊生，不少英雄豪杰揭竿而起。当时，占据洛阳自称郑王的王世充，出兵抢劫少林寺，引起少林僧众的震怒。恰在这时，李世民兵出潼关进逼洛阳，进入了大唐统一天下的关键一战。然而，李世民却在夜巡时，为敌所俘，囚入洛京王城监狱之中。以昙宗为首的少林十三棍僧闻讯，便夜入洛阳，救出了李世民，又擒获敌将王仁则，迫使王世充不战自降。李世民不忘十三棍僧救驾大恩，登基为帝后，对少林寺封赠优厚，不仅重建了寺院，又赐给良地四十顷、水碾一具；凡立功僧人各赐紫罗袈裟一袭，赐杖一条。特封背着他逃出王城监狱的昙宗和尚为大将军，兼理少林寺方丈职务。不久，少林寺僧已达两千多人，土地一万四千多亩，殿、堂、楼、阁五千多间。《少林寺碑》上对这时还有“海内灵岳、莫如嵩少”的记述。
二百多年之后，到了唐武宗会昌二年(公元842年)，因安、史之乱，人们为了躲避负债，纷纷进寺出家。佛教的空前兴旺，直接影响着国计民生。武宗皇帝李炎便传出圣旨，敕命所有寺宇全部拆毁，所有僧、尼一概还俗，如有抗旨不从者，格杀勿论。据《中国佛教》记载：圣旨一经传出，先后就拆毁大小寺宇44600多所，还俗僧尼26万多人，收回民田数千万顷，使整个佛教陷入了灭顶之灾。所以，佛门直到今天还称这次劫难叫做“会昌灭法”。
在“会昌灭法”期间，少林寺尽管受到代代唐室皇帝的封赐，又有十多个从朝廷中来出家的后、妃、王孙出来抗争，仍然受到严重的损害。
不久，武宗李炎驾崩，宣宗李忱即位，撤回了这通灭佛的圣旨。少林寺很快恢复了它那晨钟暮鼓的正常生活秩序。
到了后周显德二年(公元955年)，世宗皇帝柴荣，看到寺僧仍很浮滥，同国家财政、兵役的矛盾仍很突出，也传出圣旨对佛教进行沙汰。在圣旨上还明确规定：凡未经朝廷颁给寺额的寺院，一律拆除；凡是私度和未经州府严格进行读经测试的僧、尼一律还俗；所有铜制佛像一律没收，用来铸钱，充实国家财源；严禁烧身、炼指等残害肢体的行为发生。这一措施的结果，虽然全国佛寺被废除了一半以上，僧、尼还俗了十之八九，但对佛教本身来说，却是得到了一次很好地整顿，澄清了混乱现象。当然这对经过历代皇封的少林寺来说，并无大害。尤其当时朝廷内的殿前都虞侯，幼年曾在少林寺从师学武的大将赵匡胤，多方采取措施，甘为少林寺护法，还直接向世宗皇帝进谏，灭佛不要灭法，毁寺不要毁经，将所有佛经都送到少林寺保管。为此，又扩建了少林寺藏经楼。一时间，少林寺成了全国藏经最多的寺院。正由于此，宋太宗赵光义即位时，就封敕少林寺为“天下第一名刹”。
元代末年，各地农民纷纷起义。由于少林寺僧人一直维护元室的统治，所以，起义军便把少林寺作为打击的对象。尽管在少林寺紧那罗殿中，把少林武僧“紧罗御红巾”，表现得多么神奇，一直把红巾军拒于寺外。但根据史书记载，红巾军还是多次进了少林寺，因之僧徒全部逃散，寺院空旷无人看管。明初贾元善书写的《重修法堂碑》记载着：“少林祖庭，历经九百，兴废几经。迨至元末。兵燹倏兴，衲子散处，寺门犹存。”当时，由于寺院无人看管，寺内财物被掳掠净尽，甚至连佛像面部贴金被刮、脊背被凿，认为佛像的腹中埋有值钱的东西，整个寺院又被糟蹋得瓦砾遍地，凄惨萧条不堪。
明太祖朱元璋兴兵，建立大明政权，因他自幼笃信佛教，出家作过沙弥，少林寺还曾派出五百僧兵相助。为此，明代皇室特别器重少林寺，按月给少林方丈十石米的俸禄，其余僧徒生活不足者，朝廷都给供给。尤其太祖、成祖两代皇帝，屡次拨银增修殿宇楼阁，使少林这座明蓝净刹，又焕然一新，蔚为壮观。明宣宗宣德元年(公元1426年)，永乐十六年进士、侍讲学士周叙，在他的《游嵩阳记》中，对少林寺曾作如下记述“……楼殿金碧，掩映林峦间，竹木蔽翳，仰不见，花草余香，郁郁袭人。”在明代执政的300年间，少林寺一直兴盛无比，其僧徒对明室也竭尽了忠心，先后曾四次派出月空和尚、惠通禅师等文武双全的高僧率领僧兵、平倭寇、靖边疆，小山禅师还曾亲自挂帅，带兵出征。嘉靖皇帝朱厚熜传旨，为少林寺山门前立起双旗杆，以彰其“护法强兵”的功德。
清廷入关后，虽然对少林寺也表示出重视，康熙皇帝还曾亲手书写了“少林寺”三字匾，高悬在山门上方；雍正皇帝，为修建少林寺，曾花光了河南全省一年的全部粮、赋；乾隆皇帝也曾两次到少林寺题字留言。但是，他们都对少林僧人心存戒意，怕其反清复明，还多次传旨三令五申，不准僧人练武。所以，在整个清代，少林寺一直处于江河日下的困境。
然而，少林寺遇到的最大劫难，是1928年军阀石友三的一把火。少林寺的名誉方丈德禅是当时的目击者。据大师介绍：当时因为少林僧人帮助军阀樊钟秀夺取了冯玉祥的孝义兵工厂，冯玉祥的部将石友三从萼岭口反攻过来，占据了少林寺，要找和尚们算帐，寺中僧人闻讯提早外逃。石友三找不到人，便大怒道：“跑了和尚，跑不了寺院。烧!”于是，少林寺浓烟罩地，火光接天。当时仅有十几岁的德禅大师，跟着师爷逃进少室山中，只好同老僧们一起在数十里外，心肝欲碎地悲伤遥望。
这场大火，一连烧了一个多月，将以大雄宝殿为中心的十多座殿宇全部化为灰烬，寺内被皇封的“五品树祖”、全部佛经、《少林寺志》木刻版，以及魏、齐造像碑、达摩面壁影石等珍贵文物，也全部没能幸免。这是自隋、唐以来最惨重的一次灾难。连蒋介石游少林时，也发出了“石友三太坏了”的慨叹。石友三部队离开少林寺后，僧徒们回寺急救，才算保住了千佛殿、达摩亭、方丈堂、地藏、白衣、山门等殿宇。
解放后，少林寺正在恢复和发展之时，又遭到文化大革命的一场洗劫，又使不少佛像被毁、法器被砸。
改革开放的春风雅度嵩门，1982年《少林寺》电影风靡全球，一股强大的少林旋风呼啸而出，少林寺成为世人关注的旅游热点，成千上万的中外游人来此观光游览，归宗朝圣。天时、地利给少林寺景区的发展带来了契机，少林寺从沉寂中喧闹起来，成为登封，乃至中原地区的一个重要旅游窗口。