当地时间6月13日，伊朗最高领袖哈梅内伊首次就以色列当天凌晨的袭击发声，称以色列必须受到“严厉惩罚”。哈梅内伊同时证实，多名伊朗军事指挥官和核科学家在袭击中丧生。

在通过伊朗国家通讯社伊斯兰共和国通讯社 (IRNA) 发表的声明中，哈梅内伊称以色列“在黎明时犯下了罪行”，并表示以色列袭击了居民区，“该政权必须面临严厉惩罚。”

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“在敌人的袭击中，许多指挥官和科学家牺牲了。他们的继任者和同事，如果上帝保佑，将立即继续履行职责，永不停歇。”哈梅内伊表示，“通过这一罪行，犹太复国主义政权已经为自己准备了痛苦的命运——它必将得到这样的结果。”

据伊朗安全部门官员稍早时候向媒体透露，伊朗正计划对以色列的攻击做出“严厉回应”。这位官员说：“对以色列袭击的回应将是严厉而果断的。”当被问及还击是否迫在眉睫时，他表示，伊朗的报复细节“正在最高层讨论”。

分析认为，伊朗将很快对以色列展开报复，其规模和强度将超过以往的行动。但也有专家指出，由于伊朗革命卫队总司令侯赛因·萨拉米和其他高级军事领导人丧生，伊朗的报复能力可能受到打击。