在中医理论中，“阴主阳次”这个说法虽然不是最经典的表述（更常见的核心原则是“阴阳互根互用、相互制约、相互转化”以及“阴平阳秘”），但它确实体现了中医对阴阳关系中某种重要侧面的理解，尤其是在强调物质基础（阴）相对于功能活动（阳）的优先性和根本性上。
1. 阴是阳的基础和载体：
物质基础：阴代表人体内具有实体形态的物质基础，如精、血、津液、脏腑形体等。阳代表功能活动、能量代谢、温煦推动等。
功能依赖物质：任何功能活动（阳）的产生和维持，都必须依赖于物质基础（阴）的充足和滋养。没有精血津液的濡养，脏腑就无从产生功能活动；没有足够的燃料（阴），就产生不了能量和热量（阳）。就像没有汽油（阴），汽车发动机（阳）就无法做功行驶。
“阴在内，阳之守也”： 《素问·阴阳应象大论》说：“阴在内，阳之守也；阳在外，阴之使也。” 这句话清晰地说明了阴是内在的、基础的物质，是阳气得以安居、固守、发挥作用的根基。阳气需要依附于阴精物质才能存在和发挥作用。
2. 阳的功能活动消耗阴能量消耗物质：阳气的功能活动（如运动、思考、代谢、温煦）是需要消耗物质（阴）的。过度的功能活动会耗伤精血津液（阴）。这就是为什么劳累、熬夜（过度消耗阳的功能）会伤阴，导致口干舌燥、头晕眼花等阴虚症状。
阳的“次”体现在其消耗性：阳的活动虽然重要且必须，但它是以消耗阴的物质基础为代价的。从这个角度看，阳相对于作为“储备”和“根本”的阴，具有“次生”或“消耗性”的一面。
3. 病理上，阴虚常是更根本的损害，且恢复较慢：阴损及阳：在疾病过程中，如果物质基础（阴）严重亏损（如大出血、严重脱水、慢性消耗性疾病），最终必然导致功能活动（阳）的衰竭（如手脚冰冷、精神萎靡）。因为“皮之不存，毛将焉附”。
滋阴为本：在治疗上，对于阴精亏损严重的疾病，滋养阴液、填补精血往往是治本之策。阴精充足了，阳气才能自然化生和恢复。滋阴的药物和食物（如熟地、麦冬、阿胶、龟板等）常被视为培补根本。
有形之阴难复：中医认为“有形之血（阴）不能速生”，物质基础的恢复通常比功能的调整需要更长的时间。这也体现了阴作为“根本”的重要性。
4. 生命活动的根本在于“藏精”： 《素问·金匮真言论》说：“夫精者，身之本也。” 精是人体最根本、最重要的物质，属于阴的范畴。生命的繁衍、生长、发育、抗病能力等根本都源于此。保护、封藏好精（阴）是维持生命活力和健康长寿的根本。阳气（功能）是精（物质）发挥作用的表现形式。
“阴主阳次”的核心思想：主次关系体现在基础与功能上： 阴（物质基础）是阳（功能活动）赖以存在和发挥作用的根本和载体。没有阴这个基础，阳就成了无源之水、无本之木。因此，阴是“主”（根本、基础）。
主次关系体现在消耗与储备上：阳的功能活动是生命活力的体现，但它消耗阴的物质储备。阳相对于作为“储备库”的阴，具有“次生”或“消耗性”的一面，需要阴的不断补充。
主次关系体现在病理与治疗上： 阴的损伤往往是更根本的损害，且恢复较慢。在治疗阴阳两虚时，尤其是在阴精严重亏损的情况下，滋养阴精常被视为治本，为阳气的恢复提供物质基础。
需要强调的是：
“阳次”绝非“阳不重要”：阳气的温煦、推动、防御、固摄等功能对于生命至关重要，没有阳，阴就是一堆没有生机的死物（“孤阴不生”）。阳气亏虚（阳虚）同样是严重的病理状态。
阴阳互根互用是核心： “阴主阳次”只是从特定角度（物质基础的根本性）强调了阴阳关系的一个侧面。中医最核心的观点还是阴阳的互根互用、相互依存、不可分割。没有阴，阳无所附；没有阳，阴无以化。两者缺一不可，共同构成生命活动的整体。
平衡是关键： “阴平阳秘”才是健康的理想状态。无论是阴还是阳，过盛或过衰都会导致疾病。“阴主阳次”强调的是在维护这种平衡时，要特别重视作为物质基础和能量储备的阴的根本性地位，尤其是在物质基础受损的情况下。
所以，“阴主阳次”可以理解为：在阴阳这对矛盾统一体中，代表物质基础和能量储备的“阴”是更根本的、第一性的，是功能活动“阳”赖以存在和持续的基础；而“阳”的功能活动虽然极其重要且活跃，但它依赖于“阴”的滋养，并且会消耗“阴”，因此具有相对“次生”和“消耗性”的一面。这反映了中医对人体生命活动中物质与功能关系的一种深刻认识。