政治方面：

中央集权制动摇：为解决缺兵问题，咸丰帝允许地方自行招兵，曾国藩创立湘军，其地域化、私人化色彩浓厚，打破兵权归中央的世兵制，开晚清兵为将有先例，严重削弱中央集权。例如，湘军以湘乡子弟为班底，士兵对将领有很强的人身依附关系。攻克天京后，曾国藩因忌惮朝廷疑忌主动裁军。

- 地方权力增强：面对缺饷，咸丰帝允许地方自筹军饷，户部权力在战时大为削弱，各省督抚开征厘金，进一步加剧清廷财权下移。厘金成为各省督抚自行掌控的财源，不用上交户部，税率、征调使用也自行决定，地方财政自主权极大增强。

- 汉族地方势力崛起：到咸丰末年，湘军将帅及两湖官绅凭借战功和政绩出任督抚，汉人督抚人数增加，且手握兵权、财权，在人事任免等重大事项上影响力增大，打破满族贵胄把持权力的旧格局，如曾国藩、李鸿章等汉族官员在晚清政治中占据重要地位。

- 经济方面：

- 战争破坏经济生产：太平天国运动持续多年，战争波及地区广泛，对农业、手工业和商业等经济生产活动造成严重破坏。大量农田荒芜，劳动力减少，农业产量大幅下降；手工业者因战乱逃亡或丧生，传统手工业生产受到沉重打击；商业活动也因社会动荡不安而停滞或萎缩，经济发展受到极大阻碍。

- 财政负担加重：战争期间，清政府为了镇压太平天国，需要大量的军费开支。这不仅包括军队的饷银、武器装备的购置，还包括军事设施的建设等。这些巨额的财政支出使得清政府的财政状况更加紧张，不得不通过增加赋税、发行纸币等方式来筹集资金，进一步加重了人民的负担。

- 传统文化与宗教冲突：太平天国信奉拜上帝教，对儒家文化进行批判和冲击，如毁灭儒家经典、拆毁孔庙等。曾国藩作为儒家思想的捍卫者，为维护儒家文化正统地位，极力镇压太平天国。这种文化上的冲突和对抗，反映了当时不同文化观念和信仰体系之间的激烈碰撞。

- 思想观念的变化：太平天国运动提出的一些思想观念，如“天下大同”“平均分配土地”等，对当时社会的思想观念产生了一定冲击，使一些人开始反思社会不平等和封建制度的弊端。而曾国藩镇压太平天国后，儒家思想的统治地位得以强化，在一定程度上又抑制了新思想的进一步发展。

- 人口大量减少：战争导致大量人员伤亡，无论是太平军与清军的战斗，还是战争引发的饥荒、瘟疫等次生灾害，都使得人口数量急剧下降。许多地区出现了人口锐减、村庄荒芜的惨状，社会劳动力严重不足，对经济恢复和社会发展造成长期不利影响。

- 社会秩序的动荡：太平天国运动期间，社会秩序陷入极度混乱。战争使得百姓流离失所，生命和财产安全得不到保障。土匪、盗贼等趁火打劫，社会治安恶化，人民生活困苦不堪。曾国藩镇压太平天国后，虽然局势有所缓和，但社会秩序的恢复仍需要较长时间。